Con el descubrimiento de la ubicación dónde se encuentra hundido el navío, se ha abierto la veda sobre cómo ha de ser el reparto de las riquezas que guarda en su interior.
En 1982, una empresa de cazatesoros llamada Glocca Morra Company, informó que había hallado el galeón. Dos años más tarde el Gobierno colombiano informó que iniciaría la búsqueda, pero, para entonces, la Dirección General Marítima de Colombia ya había reconocido derechos a Glocca sobre la mitad de la carga, en caso de ser encontrado. La empresa, a su vez, había cedido dichos derechos a la firma estadounidense Sea Search Armada (SSA), pero el entonces presidente colombiano, Belisario Betancour, decretó que sólo les correspondería el 5%.
Después de más de 20 años de pleitos, la Corte Suprema de Justicia de Colombia sentenció que a SSA le correspondería el 50% de los bienes, eso sí, de aquellos que no fuesen patrimonio del país. Pero la historia no terminó ahí, ya que en 2010 SSA demandó a Colombia ante la justicia estadounidense, reclamando la totalidad de los bienes del galeón además de una indemnización. En el año 2011 se conoció el fallo a favor de la Administración colombiana. Ya en el 2013, la Corte de Apelaciones de Washington le volvió a dar la razón a Colombia, que para cubrirse las espaldas aprobó, ese mismo año, la ley de protección de patrimonio sumergido.
A todo esto, España intentará llegar a un acuerdo amistoso con Colombia, según informó el ministro de Asuntos Exteriores, José Manuel García-Margallo. Para ello, se basará en qué se trata de un «barco de Estado», no privado, motivo por el cual estaría protegido por la inmunidad soberana.